През 1993 г. актьорът преживява травмиращата загуба на по-големия си брат Ривър, когато е само на 19 години. Тези събития оставят такъв отпечатък върху него, че му е трудно да се отвори за любовта.
Въпреки че през годините Хоакин е имал няколко любовни връзки, веднъж той признава, че нито една от раздялите не е разбила сърцето му, нито пък е чувствал, че е обичал истински някоя от тях. Но всичко това се променя през 2016 г., когато той отново се снима заедно с Руни във филма "Мария Магдалена".
Актрисата играе известната библейска жена, а Финикс - Исус. Въпреки че са приятели от няколко години, любовната им история започва на снимачната площадка на този филм. Двойката пази връзката си в тайна, а първата им поява заедно е на филмовия фестивал в Кан през 2017 г. и оттогава всеки път, когато присъстват на червения килим, излъчват доброта и любов.